Fakultet u svom sastavu ima sljedeće odsjeke:

• Odsjek za arheologiju
• Odsjek za azijske studije
• Odsjek za klasičnu filologiju
• Odsjek za kroatistiku
• Odsjek za nastavničko obrazovanje i strane jezike
• Odsjek za povijest
• Odsjek za talijanistiku

Ostale ustrojbene jedinice

• Centar ruskoga jezika i kulture "Institut Puškin"
• Centar za interdisciplinarna arheološka istraživanja krajolika
• Centar za istarska onomastička istraživanja